Alun perin sivuilla oli nimensä mukaisesti vain omituisten anime- ja mangaolioiden esittelyjä, mutta tammikuussa 2005 sivulle lisättiin esittelyjä suomennetuista manga-sarjoista (joita oli tuolloin "peräti" viisi kappaletta). Pikkuhiljaa mangasisältö alkoi saada yhä enemmän jalansijaa Doki Dokissa, ja otusesittelyt poistuivatkin lopulta kokonaan. Suursuosion saavuttaneen julkaisulistan esiäiti oli myös nähtävissä etusivun julkaisulaatikkona.

Alkuvuonna 2009 Doki Dokille sivutilaa ilmaiseksi tarjonnut Geocities ilmoitti lopettavansa toimintansa. Näin sivu siirtyi syyskuussa 2009 maksulliselle mutta mainoksettomalle palvelimelle. Muuton yhteydessä sivujen ulkoasua hiottiin ja sisältöä päivitettiin. Nykyään Doki Doki elää ja voi hyvin uudessa osoitteessaan.